În ceea ce priveşte moartea marelui conducător mongol, nu există date precise. Celebrul navigator din secolul al XIII-lea Marco Polo scria că Ginghis Han a murit fiind rănit la genunchi de o săgeată otrăvită. Trimisul papei în Mongolia, întors la Roma, l-a inştiinţat pe pontif că hanul a murit lovit de fulger. Versiunea oficială a morţii hanului este legată de imbolnăvirea lui gravă, după ce căzuse de pe cal, în timpul unei vânători. Nimeni nu ştie unde a fost înmormântat marele Ginghis Han.

Marco Polo scria în cartea sa: „Toţi marii conducători, urmasi ai lui Ginghis Han, sunt înmormântaţi pe marele munte Altai, şi oriunde ar muri vreunul din marii conducători ai tătarilor, chiar dacă va fi nevoie de o sută de zile ca să-l aducă la acest munte, pentru a-l înmormânta, aici îl vor aduce. O ciudăţenie a acestei tradiţii o constituie faptul că ostaşii care aduceau trupurile marilor hani pe munte erau, după aceea, omorâţi, spunându-li-se: „Mergi şi slujeşte-l pe conducătorul nostru!”. Sursele principale din care putem afla amănunte despre viaţa şi personalitatea lui Ginghis Han au apărut după moartea acestuia.

Cel mai vechi document mongol scris este „Legenda sacră”, scriere în care sunt redate, în detaliu, date despre aspectul exterior al marelui conducător. El era nu prea înalt, avea o constituţie atletică şi o barbă lungă. Este descris cu lux de amănunte şi caracterul său.

Era fiul unuia dintre conducători, insă, după moartea tatălui, familia a fost lipsită de toată avuţia, suferind din cauza sărăciei. Deoarece mongolii nu aveau scrisul lor, băiatul nu a căpătat o astfel de instruire, dar era un excelent organizator, avea o voinţă puternică şi o stăpânire de sine de invidiat, fapt care i-a peemis să se facă cunoscut, încă din anii tinereţii, ca un talentat conducător de oşti.

Acţiunile militare întreprinse le încheia cu succes, tovarăşii săi de arme îl stimau şi îl preţuiau pentru sufletul său larg şi blând. El nu-şi refuza niciodată bucuriile vieţii, dar nici nu cădea în extreme, de aceea a trăit până la adânci bătrâneţi, păstrându-şi calităţile mintale. „Legenda sacră” relatează că, în anul 1225, Ginghis Han a ordonat să fie cucerită capitala Zhongxin a statului tanguţilor, Xi Xia, şi să se şteargă acest popor de pe suprafaţa Pământului.

În timpul vânătorii întreprinse nu departe de acest oraş, el a căzut de pe cal, lovindu-se grav. Toată noaptea, Ginghis Han a avut febră. În zori, s-a adunat un consiliu unde s-a pus întrebarea: „Să continuăm sau nu războiul cu tanguţii?”. La consiliu lipsea Zuchi, fiul cel mare al lui Ginghis Han, în care tatăl pierduse încrederea, deoarece fiul evita întotdeauna să îndeplinească ordinele părintelui. Infuriat, Ginghis Han le-a ordonat soldaţilor să-l atace pe Zuchi şi să-l omoare, dar atacul nu a urmat, pentru că, peste puţin timp, a ajuns zvonul că Zuchi a murit. După aceasta, Ginghis Han a zăcut la pat toată iarna anilor 1225-1226.

Multe circumstanţe ale morţii lui Ginghis Han sunt trecute cu vederea, datele sunt contradictorii, diferite cronici indicând diverse motive ale mortii sale — o boală subită, imbolnăvire din cauza climei nefavorabile, consecinţele loviturii în urma căderii de pe cal.

Se poate spune, cu siguranţă, că el a murit la inceputul toamnei (sau la sfârsitul verii) din anul 1227, pe teritoriul statului tanguţilor, imediat după cucerirea capitalei acestuia, Zhongxin (actualul oraş Yinchuân). Conform altei legende, noaptea, Ginghis Han a fost înţepat cu o săgeată otrăvită de către tânăra sa soţie, de care el îşi bătea joc in aceeaşi noapte, de frica torturilor îngrozitoare pentru fapta sa, ea s-a aruncat în râu, înecându-se.

Nimeni nu stie unde a fost înmormântat conducătorul de oşti. Enigma mormântului marelui Ginghis Han agită imaginaţia şi speranţele căutătorilor de comori, ale arheologilor şi ale istoricilor. Locul în care işi doarme somnul de veci neînfricatul conducător mongol este căutat şi azi, luându-se în considerare toate mărturiile, presupunerile, legendele, chiar dacă acestea, uneori, sunt neverosimile.

Conform unei versiuni, marele han a fost inmormântat într-un loc pe care l-a numit el insusi. Odată, conducătorul se afla la vânătoare în josul râului Onon, la şase zile distanţă de mers pe jos până la muntele Burhan Khaldun.

Lui Ginghis Han i-a plăcut foarte mult acel loc, simţind o bucurie interioară şi o profundă linişte sufletească. Probabil că acel copac singuratic care creştea acolo l-a făcut să se gândească la moarte. El a spus: „Acest loc este potrivit pentru mormântul meu… Insemnaţi-l si ţineţi-l minte”.

Unul dintre savanţii specializaţi în studierea vieţii mongolilor neagă această ipoteză. El consideră că trupul lui Ginghis Han nu ar fi fost adus în Mongolia, pentru că, pe atunci, mongolii încă nu cunosteau tehnica de imbălsămare. Rezultă că mormântul marelui cuceritor trebuie căutat în altă parte.